造成两个专业很难分清的主要原因有两个：其一是两个学科基础一样，都依赖于计算机科学基础理论，导致前一年半的基础课程非常相似；其二是软件人才培养的历史沿革。早期的软件人才培养主要依托计算机科学与技术的软件与理论方向，而我国很多高校在计算机科学与技术专业的人才培养定位上大多集中在偏软件的方向，因此导致两者比较难分清楚。随着软件规模和复杂度的增长以及产业快速发展的需要，对软件人才的专业知识结构和要求有了很大变化，软件工程专业被单独设立，2011年被确立为一级学科，因此在新时期下，软件工程专业和计算机科学与技术专业在计算机人才培养的定位上就各有侧重点。
计算机科学与技术培养的人才应该更加关注计算问题的求解，能创造出新的技术，提出新的理论方法，比如图灵提出“图灵机”和“图灵测试”，埃克特发明第一台电子计算机ENIAC等等。软件工程专业培养的人才主要关注什么情况下采用什么技术能更好的解决问题，更关注大型软件系统开发的组织方法和流程，比如比尔盖茨发明微软操作系统，马化腾组织研发QQ软件等。通过建筑行业的比方可以帮助我们更好理解两者的不同：计算机科学与技术专业研究建筑的物理、结构、力学等理论，研发新型材料等。软件工程专业根据客户的需求，给出设计方案，选用相应的材料和技术，组织管理成百上千的人员把建筑造起来，两者各有侧重。
